总理事会由所有成员方的代表组成，定期召开会议。总理事会在部长休会期间，承担其职能。下设争端解决机构、贸易政策机制评审机构和其他附属机构，如理事会等。

　　理事会为总理事会附属机构。其中货物贸易理事会、服务贸易理事会、知识产权理事会为最重要的事事会。由所有成员方代表组成。每一理事会每年至少举行8次会议。

　　委员会部长会议下设贸易和发展委员会、国际收支限制委员会、预算、财政和管理委员会。上述委员会的成员对所有成员方代表公开。 多方贸易协议设置的机构职能由多方贸易协议赋予，在世界贸易组织体制框架内运作，并定期向总理事会通告其活动。

　　秘书处为世贸组织的日常办事机构。它由部长会议任命的总干事领导。总干事的权力、职责、服务条件和任期由部长会议通过规则确定。秘书处设在日内瓦，拥有500多名工作人员。